Prinzipiell weist der Inn relativ sauberes Wasser auf, was unter anderem dem Zufluss des Schmelzwassers aus den Alpen geschuldet ist.

Der Gletscherabfluss, der im Frühjahr vom zentralen Alpenraum ausgeht, verursacht dabei Gesteinsabrieb, der für die graue Verfärbung des Inn sorgt, was allerdings keine schlechtere Gewässerqualität bedeutet. Abwassereinleitungen und Industrieanlagen vor allem in der Nähe großer Städte beeinflussen die Wasserqualität jedoch erheblich, ebenso wie stark gedüngte Felder in Ufernähe.

Die Daten der Bestandsaufnahme der Wasserrahmenrichtlinie (LFU 2004, UMWELTBUNDESAMT 2004a) liefern in Deutschland und Österreich Angaben zur biologischen Gewässergüte. Für die Schweiz allerdings liegen keine vergleichbaren Daten vor.

In Tirol fällt der Inn größtenteils in die Stufe II der biologischen Gewässergüte (= mäßig verunreinigt [beta-mesosaprob] / mäßig belastet) (UMWELTBUNDESAMT 2004a). Nur auf einer Strecke von rund 4 Kilometern nach der Mündung der Sanna bis knapp oberhalb der Mündung des Gurglbaches beträgt die Gewässergüte I – II (gering belastet).

In Deutschland ist die gesamte Strecke als mäßig belastet (Stufe II Saprobie) eingestuft (LFU 2004). Gleiches gilt für den Abschnitt im Grenzbereich Deutschland/Oberösterreich (LFU 2004, UMWELTBUNDESAMT 2004a).