Durch unterschiedliche menschliche Einflüsse über viele Jahrhunderte wurde der „ökologische Zustand“ des Inn entscheidend beeinflusst. Als wesentlichste Defizite sind heute aus ökologischer Sicht zu nennen, die Beeinträchtigung durch Kraftwerke, Verlust von Lebensräumen und Arten und die Geschiebeproblematik. Dies bleibt nicht ohne Konsequenzen, von ehemals 31 heimischen Fischarten kommen heute nur noch 2 (Bachforelle, Äsche) in größeren Dichten vor.
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